Le Conseil d’Administration détermine les orientations de l’activité de la société et veille à leur mise en œuvre, sous réserve des pouvoirs expressément attribués à l’Assemblée Générale et à la Direction Générale. Composé de sept (7) membres nommés par décret n°2014-600 du 16 octobre 2014, il se réunit par trimestre. Chaque membre est un représentant de tous les ministres du comité interministériel de l’aviation civile. Le conseil d’administration est dirigé par un président, il comprend :
- Un représentant du Président de la République ;
- Un représentant du Premier Ministre ;
- Un représentant du Ministre en charge des Transports ;
- Un représentant du Ministre en charge de l’Économie et des Finances ;
- Un représentant du Ministre en charge de l’Intérieur et de la sécurité ;
- Un représentant du Ministre en charge des Infrastructures Économiques ;
- Un représentant du Ministre en charge du Budget et du Portefeuille de l’État.